2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
　　SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时…

　“亚人”是1980年代开始渐渐出现在人类视野之中的新人种，他们源自于人类，有着和人类一样的外貌，却有着不老不死的肉身，只有一个人类死亡之后，才能够判断他是否为亚人。人类恐惧亚人身上所蕴藏的强大力量，对他们发起了严酷的追捕和研究。
　　永井圭（宫野真守 配音）是一位平凡的少年，拥有高超的智商和优秀的成绩，某日，在一场交通事故中，永井圭不幸丧生，随后变为亚人，遭到了军方的通缉。在童年好友海斗（细谷佳正 配音）的帮助下，永井圭踏上了逃亡的旅途，期间遇到了身份神秘的帽子男佐藤（大冢芳忠 配音），虽然佐藤和永井圭同为亚人，但不知为何，佐藤将永井圭视为了敌人。

东京近郊一间屋被传是阴森鬼屋，说但凡拜访者进入，都会离奇毙命或神秘失踪。传说当年该屋的主人曾因突至的狂性大发斩死妻子，尔后自杀，其6岁的儿子从此失踪，至今下落不明，鬼屋自此怨气冲天，每一位到访者都会在瞬间被恐怖笼罩。 大学女生理佳（奥菜惠）因做义工无意间闯入该屋，在遍寻不着要照顾的老人后，她于无意间瞥见一个神秘诡异男孩，但转眼男孩又失踪。自此，诸多恐怖怪事开始接二连三在理佳身上发生，其身边的亲朋好友也一一受到牵连。©豆瓣

某日，高柳芭蕾舞团斋藤叶瑠子（木南晴夏饰）被控杀害一名陌生男子而接受警方调查，搜查一课的加贺恭一郎（阿部宽饰）受命协助石神井北署的太田刑警（柄本明饰）追查真相。经过初步询问，警方认为这是因入室抢劫所引发的的正当防卫事件，但加贺却从中窥见诸多疑点。他先后走访剧团首席女演员高柳亚希子（音月桂饰）、饰演黑天鹅的新人浅冈未绪（石原里美饰）、饰演青鸟的男舞者柳生、剧团负责人梶田康成（平岳大），结果发现这群“擅长说谎”的舞者心中隐藏着错综复杂的关联和秘密。欲望当前，没有能永远隐藏的秘密……本片根据东野圭吾的同名原作改编，是“新参者”系列的SP作品。

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。

风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人