少女藤木美奈斗（堀北真希 饰）有一个无话不谈的笔友奈特（意为“骑士”），生活中发生的大小事她都与之倾诉。在士多店打工的美奈这天遇见了男生唐泽秀（石田卓也 饰）并一见钟情。阿秀热爱摄影，却迫于医学家族的压力一直努力考取大学医学专业，两度落榜的他还在苦闷地奋斗中。阿斗将自己的倾心告诉奈特，却被奈特反对。然而阿斗这次仍然听取了自己的心意，向阿秀表白。
　　在二人交往的过程中，阿斗发现自己会突然消失记忆，甚至手机中存储的阿秀的照片以及号码都会不见。困惑的她怕被阿秀嫌弃，一直保守着这个秘密。随着失忆的情况发生次数越来越多，阿斗鼓励她去他父亲的医院检查。检查结果出来后，阿斗却提出了分手。
　　伤心的阿秀接受了这个结局，她渴望这时能见到奈特，得到奈特真人的慰藉。然而无论她如何苦等，奈特也没有出现，直到这晚，她得到一串钥匙，当她启开秘密的大门，惊讶地发现了奈特是谁。

　　堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。                                                                    　　园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。                                                                    　　然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。