因为痴迷基因再生和着迷于醒梦现象，里斯博士（乔纳森·莱斯·梅耶斯JonathanRhysMeyers饰）探索了年轻男子加布里埃尔·豪沃思（凯姆·吉甘戴CamGigandet饰）的心理。当暴力的梦境与现实融为一体时，加布里埃尔的生活发生了天翻地覆的变化。当加布里埃尔的梦折射出政治暗杀时，他必须争分夺秒地拯救自己和妻子布丽因（布兰妮·肖BrittanyShaw饰）的性命并阻止政府试验性计划。随着时间的流逝，加布里埃尔命悬一线，只有里斯博士能揭开这一切的真相。

CRC雇佣兵长岳带领小队寻找失踪的“达芬奇密码桶”。长岳遵从金主阮成则的指示先从恐怖组织中救出了具有打开密码桶能力的通灵怪女贡布欣，顺便营救了同样被绑架在此的考古学家郑文初。众人穿越危险诡异的无人丛林，遭遇神秘猛兽突袭，九死一生后阮成则带领兄弟们登场，原来能打开密码桶的人不是卧底了一路的贡布欣，而是一路质疑通灵能力的郑文初。“达芬奇密码桶”的秘密被揭开，核武器的机密资料就藏在这里面。关键时刻，阮成则的合作伙伴威尔逊也来抢夺密码桶，三方势力的激战一触即发……

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

故事发生在被天空之壁分为三区块的《幪面超人BUILD》的世界，竟然出现了《幪面超人EX-AID》世界的敌人怪人崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边...