小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。
　　为了满足小美“想要妈妈”的愿望，未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途，然而，小美的心智早已经被污染殆尽，在她的眼中，小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。　　虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。
　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。
　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”
　　这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”
　　然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。
　　如今，冒险再度进化……

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。
　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。
　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。
　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。
　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……
　　“所以说过去的事情我不知道啦！”
　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。
　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。
　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——
　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——
　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。
　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。
　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

全新的“赛亚人”故事。力量大会后，悟空了解到宇宙中还存在着自己未曾见过的强者。某天，现身于悟空和贝吉达面前的是从未见过的赛亚人布罗利。三个走上完全不同道路的赛亚人，为集齐七龙珠意外相遇，从地狱中再度归来的弗利萨也被卷入其中，地球将爆发一场壮烈战斗……

蒙塔古太太和凯普莱特先生是一对互相嫌弃的老邻居，他们一个将房屋全部漆成蓝色，一个漆成红色。各自的花园里则居住着两个矮人精灵家族，与主人们一样，蓝色与红色精灵家族也是一篱笆之隔的生死冤家，平日里他们是陶瓷摆件，没人时便开始打个你死我活。一天夜里，红色家族首领的女儿朱丽叶（ 艾米丽·布朗特 Emily Blunt 配音）偷偷前去寻找一朵有魔力的奇异兰花，不巧却碰上了蓝色家族的勇士吉诺米欧（詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 配音），一场争夺之战却鬼使神差地在奇异兰的催化下演变成电光火石的爱情萌芽。从此，两人展开了秘密的热恋，彼此相爱的他们也开始对两家的世仇质疑起来。然而此时，红蓝家族间的战争却已愈演愈烈，面对着高高的篱笆与无休止的硝烟，两个小人的爱情是否仍旧无法逃脱早已被莎翁写好的剧情呢？
本片创作灵感来源于莎士比亚的著名戏剧《罗密欧与朱丽叶》。

世界的崩溃开始了。
　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、
　　用强大的力量进化成了秩序兽。
　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。
　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。
　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。
　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」
　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。
　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、
　　并尝试施行干涉现实世界的最终计划。
　　为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。
　　「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」
　　绝望的迪路兽向大家说到。
　　孩子们做出最后决定的时候到了。
　　被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？
　　现在，冒险将再一次进化。