千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。　　虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

故事承接第一部结尾，自从森林王子莫格利（海利·乔·奥斯蒙 Haley Joel Osment配音）认识了人类女孩珊迪（梅·惠特曼 Mae Whitman配音），便随她一同居住在人类村庄中。然而离开丛林生活的莫格利，却在新的环境里异常想念他的动物朋友们，尤其是待他非常好的黑熊巴洛（约翰·古德曼 John Goodman配音）。来自远方森林的召唤，让莫格利决定重新回到森林的怀抱中去。然而从前自由自在的森林生活，此刻却变得危机重重。老冤家老虎希瑞·坎（托尼·杰伊 Tony Jay配音）正在酝酿一场复仇计划。
　　由迪斯尼公司卡通片导演斯蒂夫·特伦伯斯执导的卡通片《森林王子2》，依旧保持着迪斯尼卡通片一贯轻松诙谐的风格笔调。著名童星海利·乔·奥斯蒙特是第四次为迪斯尼的卡通片配音，而倍受好评的配音演员约翰·古德曼此次更是倾情献声。流畅的故事情节，鲜活的人物角色，以及精美的配乐音效，《森林王子2》再次为您打造一场充满着纯真和关爱的丛林冒险故事。

帕奇（巴比·洛克伍德 Bobby Lockwood 配音）和家人伙伴们来到了车水马龙的繁华大都市伦敦，这里的一切都令帕奇感到新奇无比，在不知不觉中，帕奇竟然和家人们走散了，它很快就被淹没在了川流不息的车流和人流之中。
　　在伦敦，孤身一人的帕奇遇见了名为雷电（巴瑞·波斯威克 Barry Bostwick 饰）的狗狗，这可乐坏了帕奇，因为雷电是经常在电视上出现，风靡全球的明星狗狗，两只狗很快就成为了好友，结伴而行。在经历了上一次的失败后，贪婪而又邪恶的克鲁拉（苏珊·布莱克利 Susan Blakely 饰）并没有放弃她的阴谋，这一次，她联手名为拉斯（马丁·肖特 Martin Short 饰）的艺术家，企图用斑点狗的皮来制作艺术作品。