白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。
东汉末年乱世中，刘备的两位夫人、以及一位未过门的小妾绮兰（孙俪 饰）受困曹营，关云长（甄子丹 饰）为存忠义投降曹操（姜文 饰），但始终不能原谅曹操操控汉室的狼子野心，希望能够重回刘备身边。曹操倾慕关羽之将才以及仁者之心，试图用天下苍生之利益说服后者。适逢袁绍起兵伐曹，关云长于阵斩杀颜良，获封汉寿亭侯，并与张辽（邵兵 饰）结下同袍之谊。曹操将两位刘夫人遣返后，在关云长酒中加入春药，欲使其与绮兰发生不义关系——关云长昔日对同乡绮兰暗怀情意，甚至曾经不惜为她杀死官兵，这段感情终究被叔嫂之礼阻断，清醒过来的关云长携绮兰投奔刘备，沿路冲破重重关卡，留下“过五关斩六将”的千古传奇…
