柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

动画分为三个短篇。《一碗乡愁》：青年小明（坂泰斗配音）独自一人离开故乡来到大城市北京打拼，掐指一算，他已经很久没有回去过了。某日，小明拖着疲惫的身躯去往上班的路上，忽然怀念起了家乡的味道。往事伴随着思念渐渐浮现。

　　U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕......

地心引力不再的东京，一名男孩和女孩相互倾心……
世界各地降下一阵泡泡雨，地心引力定律就此瓦解，故事在此时从东京开展。
东京与外界彻底隔绝，成了一群年轻孤儿的游乐场。大伙在此成群结队，穿梭跳跃各个建筑，上演跑酷大战。
以危险的游戏风格闯出名号的年轻好手响，某天不慎失足，坠入扭转重力的海里，幸而被掌握神秘力量的女孩诗搭救。接着，俩人竟听见别人完全无法耳闻的独特声响。
诗为何会出现在响的面前？俩人相遇，继而揭开足以改变世界的真相。

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。
　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。
　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。
　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。
　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……
　　“所以说过去的事情我不知道啦！”
　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。
　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。
　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——
　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——
　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。
　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。
　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

宇宙世紀0071年。サイド3ムンゾ自治共和国の議長だった父ジオン・ズム・ダイクンを亡くしたキャスバルとアルテイシアは、父の側近ジンバ・ラルと一緒にサイド3を脱出。地球で、エドワウ・マスとセイラ・マスと名前を変えて生活していた。一方サイド3はジオン自治共和国と国名を改め、副議長だったデギン・ソド・ザビ率いるザビ家が実権を掌握。ザビ家はキャスバルとアルテイシアを追いつつ、対地球連邦軍をにらみ、新兵器のモビルワーカーの開発に着手していた。

位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子 配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花 配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一 配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨香 配音）出手相助才让她化险为夷。在此之后，公主和小智他们一路同行，几经辗转终于来到了哲尔尼亚斯所在的森林。但是，与这个具有赋予生命能力的传奇精灵并列的，还有一个能够带来死亡的可怕精灵。　　全新的冒险就此展开…