电影发生在电视剧大结局7年后。在电视剧最终回中，哲雄藏在山中的尸体因山体滑坡而被发现。警察断定这是一起凶杀案，成为刑警被分配到警视厅搜查一课的爱女零花，开始向哲雄投以疑惑的目光。另一方面，洼等半堕落犯罪组织再次将目标锁定在哲雄身上并开始行动。并且，曾经掉进哲雄的陷阱，被诬陷并过着逃亡生活的恭一也再次出现了。“杀人犯的父亲”vs.“警察的女儿”vs.“半堕落犯罪组织”，继电视剧的大危机之后，电影中更加陷入绝境。为了守护深爱的家人，父亲的最后一战拉开了帷幕。
曾混迹黑社会的印度裔男子维路出狱后，一心过回正常人生活，可惜人在江湖，身不由己。他最疼爱的弟弟跟随当年好友混入黑道；曾经的老大黑摩利据说也返回香港，图谋杀害机动部队陈督察；警官肥棠（林雪 饰）则隔三差五找到维路了解线索。维路不胜其扰，却又无可奈何。 另一方面，香港油尖旺鱼龙混杂，各方势力暗流涌动。森（任达华 饰）和May（邵美琪 饰）所率领的机动部队一面要平息黑道势力的争斗，同时还要四处追查黑摩利雇用的刀手。最终形势将朝何方发展？
《魂断疯人院》的故事发生在上世纪的战争年代，围绕女精神病医生静秋无故被强行关押到疯人院的线索展开。江洋饰演的志同内心一直默默喜欢着静秋，虽然他的情感一直被静秋忽视。在静秋伺机为自己寻找精神正常的证据的过程中，作为主治医生的江洋给予她尽可能的照顾，但是他的动机却绝非表面看起来那样的单纯。面对静秋的男友文远（孙坚饰），江洋展现了更多的沉静与冷漠，他在静秋与文远之间充当的角色十分耐人寻味。
