知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。 令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南
一群由穷凶极恶的死刑犯组成的特种小队，小丑女、死亡射手、回旋镖队长、黑蜘蛛、冰霜杀手、鲨鱼王、克格勃野兽等人，受制于植入脑后的纳米炸药，他们被迫受命闯入阿卡姆疯人院，去取得一份被谜语人窃走的秘密名单。小队成员互相猜忌，各怀心思，哥谭的黑暗骑士又会不会任由自杀小队完成任务呢？囚禁于阿卡姆的小丑和其他恶人又会对任务造成怎样的影响？
影片根据中国古代神话故事《山海经》所记载的周饶小人国传说改编而成，讲述了周饶小人国的王子锤木，在意外之中闯下大祸，导致父亲变成石像，最后一路经历冒险，重新拯救了父亲和王国的故事。
