小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
一群由穷凶极恶的死刑犯组成的特种小队，小丑女、死亡射手、回旋镖队长、黑蜘蛛、冰霜杀手、鲨鱼王、克格勃野兽等人，受制于植入脑后的纳米炸药，他们被迫受命闯入阿卡姆疯人院，去取得一份被谜语人窃走的秘密名单。小队成员互相猜忌，各怀心思，哥谭的黑暗骑士又会不会任由自杀小队完成任务呢？囚禁于阿卡姆的小丑和其他恶人又会对任务造成怎样的影响？
影片根据中国古代神话故事《山海经》所记载的周饶小人国传说改编而成，讲述了周饶小人国的王子锤木，在意外之中闯下大祸，导致父亲变成石像，最后一路经历冒险，重新拯救了父亲和王国的故事。
