晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
在未来的世界，男主昂在濒死之际穿越到了60年后，发现自己体内蕴含着强大的恶魔力量。这种力量是一把双刃剑，既能帮助他填补过去的遗憾，也可能带来未知的危机。昂在新的环境中不断挑战自我，试图掌握这种力量，以改变自己的命运。
九重天危机后，世界又恢复了一派安宁景象。当今社会，手机、电脑等电子设备成为了人们的生活必需品，网络信号覆盖全球。有很多人沉迷其中，忽略现实生活，导致生理、心理疾病，甚至道德败坏。这成为了现代社会的顽疾，也让地球成为了黑暗势力的新目标。病毒机械兽来袭地球，散播黑晶，黑晶像蒲公英一样飘入人们的电子设备屏幕里，吸收能量后吞噬屏幕面前的人，使普通人变成黑士兵，而一些沉迷网络，或有网络恶习的人变成机械兽。
这一日，林枫正在林府凝聚武魂，不想，他才刚将剑武魂修炼成雏形，未婚妻姬漫夭就趁机夺走了他的武魂，还导致其差点吐血身亡。与此同时，林枫的精神进入到了葬神之地，葬神之地神秘女子告诉林枫，他可以通过磨灭葬身于此的古神，获得庞大的武道力量跟知识。 现实世界，原本是林家大少爷的林枫因为失去了剑武魂，从而不再受到家仆们的尊重，他们处处针对林枫，就连林枫的妹妹林香儿生病，他们都不愿意出手帮助分毫，直到林枫使用从葬神之地获得到的力量打败了黄阶武魂的强者——林宇宏，林家的人才对林枫的态度有所改观。 另外一边，林枫因为没能很好得控制最新得到的力量，杀死了正在跟自己决斗的秦骁。秦骁乃是秦家大长老的孙子，并且一直受到长老们的宠爱，如今秦骁被害，秦家长老自是不甘，他们一怒之下，跑到了林家府邸，要求林家将林枫双手奉上。
明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。 当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。 这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
