夕城美朱（荒木香惠 配音）是一名普通的高中生，一日，她正和好友本乡唯（冬马由美 配音）在图书馆看书，两人无意间翻开了一本名叫《四神天地书》的古书，一道红光闪过，两人被吸入书中，穿越到了一个架空的时代。在那里，美朱的身份不再平凡，她摇身一变，成为了人们口中的朱雀巫女，而朱雀巫女的任务便是找齐传说中的朱雀七星士，召唤出朱雀，来实现她的愿望。随着旅途的展开，朱雀七星逐渐现身，而身为巫女的她，和其中的鬼宿（绿川光 配音）产生了深厚的感情。 另一边，小唯也穿越到了与美朱同样的时代，她竟然成为了与朱雀巫女对立的青龙巫女，她也要找到属于她的青龙七星士。刚开始，一向胆小懦弱的她并不愿意与美朱为敌，但当看到美朱和鬼宿越走越近的时候，嫉妒使她的心慢慢得扭曲了。
“这里……是哪儿……” 察觉到的时候，桐人不知为什么陷入了庞大的幻想风格虚拟世界。登录前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。 之后，来到漆黑的巨树“基家斯西达”旁边的他，同一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君。”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样拥有“丰富感情”。 在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着登出这个世界的方法。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――原本，不可能存在的记忆。而在那个回忆中，除了尤吉欧还有一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘记的、重要的名字。
作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样kkju.cc每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——
