夕城美朱（荒木香惠 配音）是一名普通的高中生，一日，她正和好友本乡唯（冬马由美 配音）在图书馆看书，两人无意间翻开了一本名叫《四神天地书》的古书，一道红光闪过，两人被吸入书中，穿越到了一个架空的时代。在那里，美朱的身份不再平凡，她摇身一变，成为了人们口中的朱雀巫女，而朱雀巫女的任务便是找齐传说中的朱雀七星士，召唤出朱雀，来实现她的愿望。随着旅途的展开，朱雀七星逐渐现身，而身为巫女的她，和其中的鬼宿（绿川光 配音）产生了深厚的感情。 另一边，小唯也穿越到了与美朱同样的时代，她竟然成为了与朱雀巫女对立的青龙巫女，她也要找到属于她的青龙七星士。刚开始，一向胆小懦弱的她并不愿意与美朱为敌，但当看到美朱和鬼宿越走越近的时候，嫉妒使她的心慢慢得扭曲了。
作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样kkju.cc每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——
明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。 当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。 这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
