影片讲述了退隐江湖的杀手叶真因一次人物失手误杀了盲女简熙的父亲，他心中懊悔不已，为赎罪接近简熙并逐渐喜欢上这个单纯善良的女子，叶真决定重回江湖执行杀手任务筹钱为简熙治疗眼睛。但在接下来的任务中，叶真遭遇了暗算并被捕快狄贤追查。当狄贤了解了叶真行事的前因后果，对他和简熙产生了理解和同情。简熙阴差阳错知道了事情的真相，但却被暗杀目标武东元挟持用来引出叶真。叶真中计现身，并联合狄贤解救简熙。而经此一事，叶真和简熙又该何去何从？两人的命运又会走向什么结局？
话说满清打下天下，江山传到咸丰一朝。随着腐朽僵化的王朝一再滑落，外忧内患之际，反清复明以及推翻满人政权的革命火种如星星之火般蔓延开来，并越烧越旺。落榜举人洪秀全建立太平天国，此事成为令满清皇帝最为头疼的威胁之一。旅居海外多年的林海南（邱建国 饰）辗转回到故土，试图用华侨们凑集的巨款支援太平天国。谁知清廷早已得知消息，派出心狠手辣、诡计多端的崔佐邦（徐学义 饰）半路阻击。林海南得到戏班花锦绣的救助，并凭借一身武艺击退恶霸，挣得了“南拳王”的名号，谁知却因此使花锦绣遭遇灭顶之灾。 历经苦难转交巨款之后，海南和戏班幸存者们苦练武功，发誓一定要向崔佐邦报仇……
17岁初中毕业便辍学在家的臭妮是个标准的问题少女，脾气暴躁，且调皮，母亲一人靠打鱼养活她。臭妮20岁这年，在一次聚会中臭妮无意中扎伤富二代陈小富。同时母亲在打鱼过程中遭鲨鱼袭击遇难，在医院抢救。在陈小富的追责中臭妮，深夜拿着父亲的照片离开小岛，踏上了寻父之路。
中五在读的朱婉芳（袁洁莹 饰）与郭小珍（李丽蕊 饰）本是一对儿普通的中学女生，直至帮派分子刀疤试图接近朱婉芳，在校门口殴打一名不良学生致其意外身亡。警官海哥（林正英 饰）要求朱婉芳出面作证，虽然刀疤之大哥潇洒（张耀扬 饰）恶语威胁，但朱婉芳有感温老师（刘松仁 饰）与海哥的正气，终于指认嫌凶。潇洒大为光火将朱婉芳掳走勒索，温老师在众目睽睽之下却无力保护自己的学生。为偿还欠款，朱婉芳与郭小珍打工度日，刀疤从旁默默相助终于令婉芳留意他温柔的一面。不久郭小珍发现男友佐治背叛，伤心欲绝之际遭车祸身亡，朱婉芳的世界，突然间分崩离析…… 本片是林岭东风云三部曲的最后一部，剧本仍由其兄林岭南（南燕）操刀。
警察阿猫（周润发 饰）于枪枝交易现场发现了一具女尸，跟一个小女孩加加。为了能顺利破案，他找到了死者妹妹阿雪（钟楚红 饰），刚开始阿雪对阿猫有莫明的恐惧，拒绝配合阿猫的工作，但后来见阿猫对加加的细心照顾，慢慢对他有了好感。此时阿雪的前夫阿良回来要求阿雪与他复婚，因为阿雪已经爱上了阿猫，便拒绝了阿良的要求。 一天，阿猫遇到了头晕军火的匪徒，双方激战后阿猫逮捕了他们，受了重伤的阿猫幸好得到了阿雪的照顾，两人感情加深。阿良竟然住进了阿雪的家里，偷运军火的人也盯上了阿猫。刚到阿雪家，阿猫便受到了阿良的袭击，两人打斗之时，暴徒也追赶了上来……
八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
