此為TV版動畫第三部，從1997年4月4日至1997年9月26日放映，全26話。 此作完全脫離原作，為動畫原創故事，原創的角色也很多。由於是動畫原創，部分設定和原作設定相矛盾，並且原本的主角：莉娜等人的存在變成了半個旁觀者。故事走向太過於沉重路線，和原作原本的作風相距甚遠，所以沒有受到與前二作相等的評價。
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《蛋神Ⅱ》讲述的是来自冻龄世界的布鲁塔和巴克尔，企图征服地球，统治人类，他们要让地球上的大人变小，小朋友不再长大。而在这个危机时刻，小朋友玩具陀螺的蛋神觉醒了，热血小孩石牧龙，天才小科学家司想，善良体贴的代家乐，完美女孩上官映雪，四个性格迥异的小朋友因蛋神结缘，它们一起和暗黑势力斗智斗勇。在这个过程中，自称是冻龄世界第二聪明的人，其实却是愚蠢无比的巴克尔，利用女王布鲁塔发明的各种新型“武器”，誓要抢到蛋神。小朋友在和巴克尔的斗争中，建立了深厚的友谊，同时也在相互的帮助下克服了自身的缺点，收获了勇敢、诚实、自信、坚强等优秀品质，懂得了亲情、友情、团结的重要性。
