此為TV版動畫第三部，從1997年4月4日至1997年9月26日放映，全26話。 此作完全脫離原作，為動畫原創故事，原創的角色也很多。由於是動畫原創，部分設定和原作設定相矛盾，並且原本的主角：莉娜等人的存在變成了半個旁觀者。故事走向太過於沉重路線，和原作原本的作風相距甚遠，所以沒有受到與前二作相等的評價。
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
53.满天都是小星星(上) 54.满天都是小星星(下) 55.儿童节的礼物 56.早餐吃什么? 57.超级妈妈好爸爸(上) 58.超级妈妈好爸爸(下) 59.朋友与宠物(上) 60.朋友与宠物(下) 61.没有电的日子 62.健康哥哥的周末 63.听爸爸讲故事(上) 64.听爸爸讲故事(下) 65.音乐是什么? 66.妈妈的吸引力 67.新同学老朋友 68.霸王龙在行动(上) 69.霸王龙在行动(下) 70.赚钱不容易(上) 71.赚钱不容易(下) 72.给牛爷爷一个惊喜 73.离家出走 74.鹦鹉学舌 75.帮妈妈打工 76.游戏的诱惑 77.欢乐国庆节(上) 78.欢乐国庆节(下)
《蛋神Ⅱ》讲述的是来自冻龄世界的布鲁塔和巴克尔，企图征服地球，统治人类，他们要让地球上的大人变小，小朋友不再长大。而在这个危机时刻，小朋友玩具陀螺的蛋神觉醒了，热血小孩石牧龙，天才小科学家司想，善良体贴的代家乐，完美女孩上官映雪，四个性格迥异的小朋友因蛋神结缘，它们一起和暗黑势力斗智斗勇。在这个过程中，自称是冻龄世界第二聪明的人，其实却是愚蠢无比的巴克尔，利用女王布鲁塔发明的各种新型“武器”，誓要抢到蛋神。小朋友在和巴克尔的斗争中，建立了深厚的友谊，同时也在相互的帮助下克服了自身的缺点，收获了勇敢、诚实、自信、坚强等优秀品质，懂得了亲情、友情、团结的重要性。
