关正康(张耀扬)古惑仔一名，女朋友与他社团大佬有染，情绪郁涩，决定向大佬报复，及后逃往泰国。在飞机上巧遇神秘的SAM(黄佩霞)，便一同往泰国。抵到步后，康与SAM无故被人袭击，混乱中康与SAM失去联络。原来SAM是JOJO派往香港偷取苏联军事晶片的手下，为保晶片顺利运送，SAM不惜将晶片弄到康的体内。 另一方面，泰国将军猜逢亦对晶片虎视眈眈，猜逢向康等展开连翻追杀，康与SAM在患难中产生爱意。JOJO决定与卖家进行交易，但猜佳要置JOJO于死地。SAM得知一切，准备只身独往营救JOJO……
白江东是黑道中的中阿哥，他有个女儿叫安妮，她在江湖上也是出了名的红粉杀手。这一天，白江东带领两个结拜兄弟陈威和小龙来到龙虎滩，和另一派的大阿哥许大求进行毒品交易，事成后许大来拿着毒品带领一班手下离去，白江东手提钱箱朝自己的私家车走来，就在这个时候，陈威和小龙突然拔出手枪将白江东射杀，抢了他的钱箱然后驾车离去。陈威和丁小龙回去向安妮报告，说大哥白江东被许大来杀害，安妮听到这个消息，如巨雷轰顶，誓要替父报分仇……
八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
