17岁初中毕业便辍学在家的臭妮是个标准的问题少女，脾气暴躁，且调皮，母亲一人靠打鱼养活她。臭妮20岁这年，在一次聚会中臭妮无意中扎伤富二代陈小富。同时母亲在打鱼过程中遭鲨鱼袭击遇难，在医院抢救。在陈小富的追责中臭妮，深夜拿着父亲的照片离开小岛，踏上了寻父之路。
警察阿猫（周润发 饰）于枪枝交易现场发现了一具女尸，跟一个小女孩加加。为了能顺利破案，他找到了死者妹妹阿雪（钟楚红 饰），刚开始阿雪对阿猫有莫明的恐惧，拒绝配合阿猫的工作，但后来见阿猫对加加的细心照顾，慢慢对他有了好感。此时阿雪的前夫阿良回来要求阿雪与他复婚，因为阿雪已经爱上了阿猫，便拒绝了阿良的要求。 一天，阿猫遇到了头晕军火的匪徒，双方激战后阿猫逮捕了他们，受了重伤的阿猫幸好得到了阿雪的照顾，两人感情加深。阿良竟然住进了阿雪的家里，偷运军火的人也盯上了阿猫。刚到阿雪家，阿猫便受到了阿良的袭击，两人打斗之时，暴徒也追赶了上来……
八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
故事接上集，为了完成阎罗王（李政宰 饰）开出的条件，解怨脈（朱智勋 饰）与德春（金香起 饰）与凶悍的城主神（马东锡 饰）展开决斗。江林（河正宇 饰）也力劝一等兵（都暻秀 饰）公开秀鸿意外死亡的真相，就在阴间使者们试图完成任务的同时，千年前，他们生前的悲剧也将被逐一揭开…
