影片剧情围绕X战警中最受欢迎成员之一的琴·葛蕾展开，讲述她逐渐转化为黑凤凰的故事。在一次危及生命的太空营救行动中，琴被神秘的宇宙力量击中，成为最强大的变种人。此后琴·葛蕾不仅要设法掌控日益增长、极不稳定的力量，更要与自己内心的恶魔抗争，她的失控让整个X战警大家庭分崩离析，也让整个星球陷入毁灭的威胁之中。《X战警：黑凤凰》是迄今为止气氛最紧张、情感最丰富的一部《X战警》电影，是《X战警》系列20年来的集大成之作，大家非常熟悉和热爱的变种人大家庭即将面对最为强大的敌人——而她恰恰还是他们中的一员。
故事开始于 2006 年的阿姆斯特丹，费瑞·博曼为毒枭拉尔夫·布林克工作。拉尔夫·布林克是一名强大的罪犯，也是费瑞的导师。一天，这伙人遭到残忍的抢劫，拉尔夫的儿子受了重伤。当所有的线索都指向布拉班特的一群露营者时，费瑞被派去找出行凶者。在离开多年之后，费瑞回到了多年前逃离的心爱的布拉班特。历经险阻，与疏远的家人久别重逢，回到被他抛弃的露营生活，并与他充满魅力的邻居丹妮尔见面，这一切都慢慢地融进了费瑞的生活。费瑞的旅程将会带来意想不到的结果，并不断考验他的忠诚……
杰克（尚格·云顿 Jean-Claude Van Damme 饰）曾经是一名隶属于美国中央情报局的反恐情报人员，如今已经退休的他来到了法国，和妻子凯瑟琳（娜塔莎·兰丁格尔 Natacha Lindinger 饰）一同享受起了闲散而又平静的生活。一个名叫仕达罗（米基·洛克 Mickey Rourke 饰）的恐怖分子引起了情报局的恐慌，为了将他制服，情报局请求业务能力优秀的杰克重新出山，杰克欣然应允。 在一次交锋中，杰克对仕达罗妻儿的仁慈让仕达罗得以逃脱，而杰克也因此遭到了被情报局软禁的命运。不幸的是，杰克的仁慈并没能挽救仕达罗妻儿的性命，悲愤之中，仕达罗绑架了凯瑟琳。在狱中听闻此噩耗的杰克当即下定决心，不惜越狱也要将仕达罗捉拿归案。
一起离奇的夜明珠被劫案，使得大侠余青峰蒙受不白之冤。在捕头王的5日之期下，余青峰和偶遇的小女孩踏上了寻找真相的路途。不论是嫉恶如仇的捕头王，还是朝廷派来的锦衣卫李恭海，还是疑似真凶的悍匪头子。在大侠，官兵，土匪的角逐下。究竟是一场精心安排的陷阱，还是一场处心积虑的复仇，随着调查的深入，真相开始浮出水面……
