小蜜蜂“玛雅”充满了对外面世界的好奇，决定和好朋友“威利”飞出蜂巢，一探究竟。 在路上，结识了新朋友小黄蜂，可是“玛雅”怎知蜜蜂与黄蜂，为了争夺花粉，素来是天敌。 面对蜜蜂家园里，篡夺蜂后王位、嫁祸黄蜂军团的阴谋，面对一触即发的族群大战，在这险象环生的大草地里，正义善良的小蜜蜂“玛雅”，能否解开谜团，勇敢前行？
幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言…… 本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。
