小禽龙阿拉达生活在白垩纪晚期，他自小就生活在一个桃花园般的小岛上。由一群狐猴抚养长大大的阿拉达从来就没有见过自己的同类，与他的狐猴朋友一直无忧无虑的生活在一起。一场不期而至的流星雨将阿拉达所在的小岛击毁了，阿拉达和他的狐猴朋友一起逃难来到了大陆。这时，因为大气变热，水源供给越来越紧张，阿拉达他们遇上了一群正在迁徙寻找新的栖身之地的恐龙并加入了他们。于是，阿拉达和同伴们一起开始了这次异常艰难的迁徙之旅。
テレビアニメや実写映画など様々なメディア展開で人気を集めてきた大和和紀原作の大ヒット少女コミック「はいからさんが通る」を新たなスタッフ＆キャスト陣で映画化した劇場版アニメ2部作の後編。大正時代。女学生の花村紅緒は伊集院忍少尉と出会うが、彼が自分の許婚であることを知って反発する。やがて2人は許婚という関係を超えて惹かれ合うが、少尉は戦地で消息不明になってしまう。少尉の生存を諦めきれない紅緒の前に、少尉と瓜二つのロシアの亡命貴族サーシャ・ミハイロフが現われる。愛する人と同じ姿でありながら自分のことを全く知らないサーシャにショックを受ける紅緒を支えてくれたのは、彼女が働く出版社の編集長・青江冬星だった。そんな中、驚くべき事実が次々と明らかになり、彼らは歴史的大事件に巻き込まれていく。
