无垠的大海之中，一只因化学污染而导致基因变异的巨型鲨鱼，正在水下横行肆虐……经营化工厂的大老板杜衡想收购渔场开发海洋世界，为此在赌场下套，使渔场老板林海洋欠下大笔赌债。而林海洋正巧因为渔场被杜衡的化工厂污染一事，找上了杜衡的公司，却遭到了殴打和软禁。林海洋之子林凯孤身前去营救，偶遇了在暗中调查化工厂污染一事的工人之女裴露，两人再次被杜衡的手下控制。而此时，那只巨型变异鲨鱼已经变得更加狂躁，杜衡得知之后，丧心病狂的打算用林凯裴露等人作为诱饵，捕捉那只变异鲨鱼……波涛汹涌的大海之上，一艘载着杜衡和林凯裴露众人的捕鱼船，一场惊险残酷的猎杀与反猎杀，关于阴暗的人性和残酷的野性，在惊涛骇浪之间正式上演。
17岁初中毕业便辍学在家的臭妮是个标准的问题少女，脾气暴躁，且调皮，母亲一人靠打鱼养活她。臭妮20岁这年，在一次聚会中臭妮无意中扎伤富二代陈小富。同时母亲在打鱼过程中遭鲨鱼袭击遇难，在医院抢救。在陈小富的追责中臭妮，深夜拿着父亲的照片离开小岛，踏上了寻父之路。
卧底警察阿豪（钱嘉乐 饰）在一次伪钞交易中，不幸被违法钱庄识破身份，身中数枪，有终生瘫痪的危险，除非能够短时间内筹集巨额手术费，方有治愈的希望。而警队怀疑阿豪勾结罪犯，将其除名，亦拒绝支持手术。阿豪在警队中的好友阿东（杜德伟 饰）等四人为阿豪的遭遇深感不平，在走投无路的情况下，四人抢劫了地下钱庄，岂料抢劫所得远不能满足手术费用，四人遂决定继续抢劫。 于此同时，这次抢劫案因犯罪手法成熟并使用了专业武器，警方派出由周聪（吴彦祖 饰）带队的特别行动小组应对，周聪很快将目标锁定在阿东的小集团，然而如何处理这次因警队不公待遇引发的警员行劫案，令周聪左右为难……
八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
