某晚景太正睡觉时，手上的妖怪手錶突然发出刺眼光芒，接着消失不见了！翌日超巨大猫型妖怪「巨大喵」出现，声称世界即将落入魔爪之中并向景太救助。为了找寻线索，景太与威斯帕及地缚喵前往嫲嫲位于毛马本村的家，遇上了神秘的「浮游喵」！他们跟着「浮游喵」一起进行时光旅行，回到了六十年前的世界进行大冒险。在那裡等待着他们的强大敌人究竟是谁？他们又能否顺利找回妖怪手錶？
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
从前，在神秘森林里有个外星小孩儿，他带着面具，机灵古怪，终日与吹泡泡的毛猴儿们为伴。某日，一群凶残至极的鲨齿狼冲进森林，只见头狼身上坐着宇宙精灵捕手克拉，与正在寻找圣者谱尼的SPT队员们撞个正着。一场上天入地的激战就此展开！一路上SPT队员们偶遇食人鲨、野猪、圣光彩蝶、闪光比波、利牙鱼、蘑菇怪……孰敌孰友？他们能顺利找到谱尼，开启赛尔号的下个征程吗？
