杰克（尚格·云顿 Jean-Claude Van Damme 饰）曾经是一名隶属于美国中央情报局的反恐情报人员，如今已经退休的他来到了法国，和妻子凯瑟琳（娜塔莎·兰丁格尔 Natacha Lindinger 饰）一同享受起了闲散而又平静的生活。一个名叫仕达罗（米基·洛克 Mickey Rourke 饰）的恐怖分子引起了情报局的恐慌，为了将他制服，情报局请求业务能力优秀的杰克重新出山，杰克欣然应允。 在一次交锋中，杰克对仕达罗妻儿的仁慈让仕达罗得以逃脱，而杰克也因此遭到了被情报局软禁的命运。不幸的是，杰克的仁慈并没能挽救仕达罗妻儿的性命，悲愤之中，仕达罗绑架了凯瑟琳。在狱中听闻此噩耗的杰克当即下定决心，不惜越狱也要将仕达罗捉拿归案。
黑社会洪兴社的屯门区话事人恐龙被东星社的耀扬杀害后，龙头蒋天养（万梓良）决定从山鸡（陈小春）和生蕃中选出一个填补该空缺，铜锣湾的话事人浩南（郑伊健）深知该职的压力，力劝山鸡放弃与人争权夺位，但苦劝无效。生蕃为打压山鸡，勾结耀扬设下诡计，令山鸡好友大天二死于非命。 另一方面，屯门区某中学教师欣欣（李嘉欣）一向反感黑社会，但在结识浩南后，对黑社会的以往印象有所改变，更在短短时间内对浩南产生倾慕之情，两人发生一夜情。然而因为生活于两个完全不同的世界，加上浩南始终无法对前女友（黎姿）忘情，他们的感情注定只能是无疾而终。
八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
