八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
武林绝学“血手印”惊现江湖，引出一桩奇案。六扇门最不靠谱的小捕快彭羽天奉命调查，行至洛阳青云阁后，风波频起。彭羽天为了维持六扇门的名声，唯有硬着头皮，从各种刁钻角度进行调查，笑话百出，最终引出一段感人至深的母女亲情故事，正义得以昭彰。
天狗食日，极阴之时，龙脉古墓尸虫横行，盘棺血蟒出逃食人，九叔师徒一行也受到僵尸兵团的攻击，小镇惨剧频生。警察厅联合九叔展开紧急调查，被害百姓多身中阴毒，尸身邪戾。九叔师徒暗中走访，在被邀前去诊治中毒的日本人之时，撞破了日本武士团的盗墓阴谋，被日本人绑上刑架处以绞刑。命悬一线的时刻，九叔如何逃出生天斩僵除魔守护国宝？而日本盗墓团伙究竟还暗藏着哪些不法勾当？正邪大战一触即发……
