电影围绕从昏迷中醒来的徐震（麦亨利饰），发现林依娜（徐冬冬饰）等一行人均被囚禁过相同的铁箱之中展开。众人对于为何被抓至此完全摸不着头脑，带着疑惑的一群人，在面临着各种危机与异兽威胁的荒野丛林中不仅要奋力与效兽作斗争，还要拼命寻求方法离开，在逃生的过程中不断有人丧命于效兽的血盆大口中....
在尼比鲁星球探查期间，企业号舰长柯克（克里斯·派恩Chris Pine 饰）为营救史波克（扎克瑞·昆图 Zachary Quinto 饰）采取了胆大妄为的举动，几乎危及全舰队员的生命，他也为此付出代价。不久，柯克官复原职，而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件。该事件的始作俑者约翰·哈里森（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 饰）正来自联盟内部。此后他驾驶飞机袭击了高层会议，柯克最为敬重的派克将军不幸遇难。为了阻止哈里森的外逃阴谋，柯克重新率领企业号启程追击。危机重重的旅途，他和舰员、朋友之间的信任也受到巨大考验。 当他们最终找到哈里森，才终于知晓他的真实身份，以及伦敦袭击事件背后的阴谋和黑幕……
故事开始于一番车内的对话，一事无成的小情侣本尼（杰西·布拉德福特 Jesse Bradford 饰）和克瑞尔（丽兹·卡潘 Lizzy Caplan 饰）正在争论该怎么利用一件从天而降的宝贝。纽约大战之际，来自外星的赤瑞塔军团遗落了一件杀伤力巨大的武器，刚好被本尼。对于穷困潦倒的两人来说，这可真是发家致富的神器。他们戴上面罩，闯入银行，一番乱轰之后，将钱顺利卷走。在此之后短短的时间内，两人洗劫了数家银行，一步登天。 这件事自然引起神盾局的关注，特工西特维尔奉命抓捕这两个搏命鸳鸯……
一个大脚型的生物和一个年轻的学生保罗交上了朋友。他的父亲是一名公园管理员，试图捕捉一只逃跑的老虎。镇上的每个人都很紧张，都想杀死老虎。大卫试图保守大脚怪的秘密。
