电影将以上世纪1950和1980年代的双时间轴呈现，故事以张云林（张艾嘉饰）为核心开始，观众将看到以倒叙手法回忆1950年代年轻的张云林（李心洁饰）在二次世界大战后的生活。妹妹张云红（林宣妤饰）的过世使张云林陷入罪恶感之中，此时，她也遇见了日本籍园艺师中村有朋（阿部宽饰），协助她打造纪念花园，并开启一段揪心的爱情故事。
过着无精打采日子的平凡大学生的私，一边被在“捉迷藏社团”中遇到的冷酷且聪明的前辈所吸引，一边与瞬间掌握人心的神秘男子黑服实现命运般的相遇。无聊的日子一变，被卷入了名为“真夜中乙女战争”的东京破坏计画中……
