无垠的大海之中，一只因化学污染而导致基因变异的巨型鲨鱼，正在水下横行肆虐……经营化工厂的大老板杜衡想收购渔场开发海洋世界，为此在赌场下套，使渔场老板林海洋欠下大笔赌债。而林海洋正巧因为渔场被杜衡的化工厂污染一事，找上了杜衡的公司，却遭到了殴打和软禁。林海洋之子林凯孤身前去营救，偶遇了在暗中调查化工厂污染一事的工人之女裴露，两人再次被杜衡的手下控制。而此时，那只巨型变异鲨鱼已经变得更加狂躁，杜衡得知之后，丧心病狂的打算用林凯裴露等人作为诱饵，捕捉那只变异鲨鱼……波涛汹涌的大海之上，一艘载着杜衡和林凯裴露众人的捕鱼船，一场惊险残酷的猎杀与反猎杀，关于阴暗的人性和残酷的野性，在惊涛骇浪之间正式上演。
杰克（尚格·云顿 Jean-Claude Van Damme 饰）曾经是一名隶属于美国中央情报局的反恐情报人员，如今已经退休的他来到了法国，和妻子凯瑟琳（娜塔莎·兰丁格尔 Natacha Lindinger 饰）一同享受起了闲散而又平静的生活。一个名叫仕达罗（米基·洛克 Mickey Rourke 饰）的恐怖分子引起了情报局的恐慌，为了将他制服，情报局请求业务能力优秀的杰克重新出山，杰克欣然应允。 在一次交锋中，杰克对仕达罗妻儿的仁慈让仕达罗得以逃脱，而杰克也因此遭到了被情报局软禁的命运。不幸的是，杰克的仁慈并没能挽救仕达罗妻儿的性命，悲愤之中，仕达罗绑架了凯瑟琳。在狱中听闻此噩耗的杰克当即下定决心，不惜越狱也要将仕达罗捉拿归案。
中五在读的朱婉芳（袁洁莹 饰）与郭小珍（李丽蕊 饰）本是一对儿普通的中学女生，直至帮派分子刀疤试图接近朱婉芳，在校门口殴打一名不良学生致其意外身亡。警官海哥（林正英 饰）要求朱婉芳出面作证，虽然刀疤之大哥潇洒（张耀扬 饰）恶语威胁，但朱婉芳有感温老师（刘松仁 饰）与海哥的正气，终于指认嫌凶。潇洒大为光火将朱婉芳掳走勒索，温老师在众目睽睽之下却无力保护自己的学生。为偿还欠款，朱婉芳与郭小珍打工度日，刀疤从旁默默相助终于令婉芳留意他温柔的一面。不久郭小珍发现男友佐治背叛，伤心欲绝之际遭车祸身亡，朱婉芳的世界，突然间分崩离析…… 本片是林岭东风云三部曲的最后一部，剧本仍由其兄林岭南（南燕）操刀。
黑社会洪兴社的屯门区话事人恐龙被东星社的耀扬杀害后，龙头蒋天养（万梓良）决定从山鸡（陈小春）和生蕃中选出一个填补该空缺，铜锣湾的话事人浩南（郑伊健）深知该职的压力，力劝山鸡放弃与人争权夺位，但苦劝无效。生蕃为打压山鸡，勾结耀扬设下诡计，令山鸡好友大天二死于非命。 另一方面，屯门区某中学教师欣欣（李嘉欣）一向反感黑社会，但在结识浩南后，对黑社会的以往印象有所改变，更在短短时间内对浩南产生倾慕之情，两人发生一夜情。然而因为生活于两个完全不同的世界，加上浩南始终无法对前女友（黎姿）忘情，他们的感情注定只能是无疾而终。
卧底警察阿豪（钱嘉乐 饰）在一次伪钞交易中，不幸被违法钱庄识破身份，身中数枪，有终生瘫痪的危险，除非能够短时间内筹集巨额手术费，方有治愈的希望。而警队怀疑阿豪勾结罪犯，将其除名，亦拒绝支持手术。阿豪在警队中的好友阿东（杜德伟 饰）等四人为阿豪的遭遇深感不平，在走投无路的情况下，四人抢劫了地下钱庄，岂料抢劫所得远不能满足手术费用，四人遂决定继续抢劫。 于此同时，这次抢劫案因犯罪手法成熟并使用了专业武器，警方派出由周聪（吴彦祖 饰）带队的特别行动小组应对，周聪很快将目标锁定在阿东的小集团，然而如何处理这次因警队不公待遇引发的警员行劫案，令周聪左右为难……
警察阿猫（周润发 饰）于枪枝交易现场发现了一具女尸，跟一个小女孩加加。为了能顺利破案，他找到了死者妹妹阿雪（钟楚红 饰），刚开始阿雪对阿猫有莫明的恐惧，拒绝配合阿猫的工作，但后来见阿猫对加加的细心照顾，慢慢对他有了好感。此时阿雪的前夫阿良回来要求阿雪与他复婚，因为阿雪已经爱上了阿猫，便拒绝了阿良的要求。 一天，阿猫遇到了头晕军火的匪徒，双方激战后阿猫逮捕了他们，受了重伤的阿猫幸好得到了阿雪的照顾，两人感情加深。阿良竟然住进了阿雪的家里，偷运军火的人也盯上了阿猫。刚到阿雪家，阿猫便受到了阿良的袭击，两人打斗之时，暴徒也追赶了上来……
