希腊哲学家柏拉图曾经在公元前360年两度在他的著作【对话录】提及亚特兰提斯这个文明——“在一个分不清楚昼夜的晚上，亚特兰提斯沉入了深海。” 1914年华盛顿的市立博物馆里，年轻的男主角迈罗是一位语言学家，对于亚特兰提斯的传说深信不已。迈罗希望自己能像祖父一样成为一位伟大的探险家。在得不到博物馆的资金赞助下，突然出现一位祖父生前怪怪的好友愿意提供迈罗资金，让他去探索亚特兰提斯存在的真假。 迈罗领着专家组成最顶尖的探险队，出发前往深海寻找亚特兰提斯城。万万没想到，亚特兰提斯人居然仍然生活在地底的世界里。在亚特兰提斯的国度里，迈罗与探险队见到了亚特兰提斯二万岁高龄的国王以及八千五百岁的姬妲公主，他们对亚特兰提斯文明的未来感到忧虑，公主希望探险队可以帮助她的王国重新找回动力。不料整支探险队伍除了迈罗之外全都心怀不轨，他们全是为了金钱财富而来。
暴风雨之夜，小羊羊咩（成宫宽贵 配音）和野狼卡滋（中村狮童 配音）意外的躲进了一间小木屋避雨。在漆黑的房间里，羊咩和卡滋看不清彼此，交谈甚欢并约好第二天一起午餐。相约见面时，羊咩和卡滋发现了彼此的身份，面对羊咩的天然和善良，卡滋强忍着把羊咩吃拆入腹的冲动，在羊咩面前努力做只好狼，二者迅速成为好朋友。 羊咩和卡滋成为好友的事被羊群和狼群发现。羊咩被族长赋予任务去探听狼群的消息才能重归羊群；而卡滋这边，狼族给了卡滋“将功赎罪”的机会去羊咩那探听羊群的消息。身怀心事的羊咩和卡滋再次相约河边见面。突如其来的暴雨和卡滋的相救让二者发现无法去欺瞒对方，相约跳入洪流中的羊咩和卡滋劫后余生，没有退路的他们决定翻阅雪山，前往能让狼和羊能和平共处的翡翠森林。在前往的路上遭遇了狼族的围追，他们能否成功翻越雪山躲过狼群，卡滋又能否克服吃羊的天性，一起到达梦想的翡翠森林呢？
