故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
三剑客成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时，方丈与果姥为保存实力，不单一个装疯扮傻，一个诈死，还出狠招将三剑客打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会三剑客，促使三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。 三剑客在小果叮的帮助下捡回一命，重拾斗志誓要查出真相。在小果叮的指示下，各人各尽所长，千方百计寻找莲珠。历经重重苦难，并的机甲在莲珠的洗礼下得到重生，三人不断提升自我，获得新的技能和必杀技，对方也得到力量加强和武器升级，尤其是加上神鬼莫测的忍术，三人多次陷入苦战。三剑客屡败屡战，在失败中成长，反败为胜。女特攻们同样自强不息，一样创出新的招数和技能必杀，来支援三剑客。众人在花果山汇合，迎来与东方求败的终极一战。几经艰辛终于获得胜利，但东方求败的失败并不意味事情结束。 果宝们几经艰辛，终于来到第七层。真正的幕后黑手是外来人类龟太公。单凭众人之力并不足以抗衡。这时，养精蓄锐的老特攻们及时出手，2代特攻通力合作与龟太公周旋。这正正便是方丈和果佬计划好的联合作战计划。在敌我实力悬殊下，众果宝特攻突破自我，进化成黄金7合体，与龟太公决一死战。
结城梨斗（渡边明乃 配音）正派开朗，细心友善。一直以来，梨斗都暗恋着青梅竹马西连寺春菜（矢作纱友里 配音），可是，对于恋爱一窍不通的梨斗只是将这份强烈的感情深深的埋藏在心底。终于，梨斗再也无法压抑心中对于春菜的爱意了，再三地鼓起勇气，他决定向春菜表白。 一次偶然中，一位名叫菈菈（户松遥 配音）的女孩从天而降出现在了梨斗的面前，在阴差阳错之间，菈菈竟然成为了梨斗的告白对象，就这样，梨斗和自称是外星公主的菈菈开始了同居生活。也就是从这时开始，杀手暗影（福圆美里 配音）、菈菈的妹妹娜娜（伊藤加奈惠 配音）和梦梦（丰崎爱生 配音）等人接二连三的来到了梨斗的身边。
魅惑众生的九尾狐狸？吸人精气的合欢树妖？道家妹子求双修，仙家女神表示滚远点。游走在这些危险分子中间可不是容易的事情。但为了世界和平，少年封夕豁出去啦！
