战国时代，号称霸王的织田信长，在现代日本复活了。但，却是以柴犬的样貌！与信长同时代的战场名将们，也全都转生成了狗。现代的群雄割据，是在遛狗场中……！？
王胜于现代世界醒来，曾与之相伴的人依稀仍在左右，这究竟是一场梦，还是另一场天大的阴谋？
人类最大的危机，大崩坏十年后的世界。 舞台是象征复兴的巨大学园都市アカデミア。 虽然学生的生活非常快乐，可是却无法改变，也不能改变自己。 一个空虚的度过每一天的女子高中生「白鸟空（しらとりくう）」。 她不时会梦见相同的“梦”。 来迎接自己的王子的“梦”…… 学园中的学生们都满腔热情地期待着学园祭。 在她的面前，“梦”见了好几次的王子出现了。 这次不是梦，而是现实。 自称是「绫小路（あやのこうじ）京四郎」的他在天空中说着和梦里相同的话。 「一起…走吧」 两人的相遇到底有什么样的意义？ 「神无月的巫女」「圆盘皇女」的原作者创作的新故事！ 豪华场面学园浪漫巨篇！！
故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。
本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。 雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……
晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
